MAN 1 Kota Bengkulu berasal dari sekolah Pendidikan Guru Agama Islam Negeri (PGAN) Kota Bengkulu, Didirikan pada tahun 1979, yang dipelopori oleh Departemen Agama (Saat ini Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Bengkulu) dan didukung oleh tokoh Agama serta tokoh masyarakat.
Pendidikan guru Agama Islam Negeri pada saat itu dipimpin oleh Bapak Baharudin, DJ sampai dengan tahun 1992. Seiring dengan perjalanan Madrasah pada tahun 1992 dialih fungsikan dari PGAN menjadi MAN 1 Kota Bengkulu yang di pimpin oleh Drs. Saleh Susanto, sampai dengan tahun 1998. Pada tahun 1998 berganti nama menjadi MAN 1 Model Kota Bengkulu yang di pimpin oleh Bapak Drs. Riskan A.Rahman, Sampai tahun 2003.
Pada tahun 2003 sampai 2009 dipimpin oleh Ibu Darnawilis, S.Ag. Selanjutnya pada tahun 2010 sampai dengan 2013 dipimpin oleh Ibu Dra. Hj. Miswati Natalia, MM dan pada tahun 2014 dipimpin lagi oleh Bapak Dr. Misrip, M.Pd, dan pada bulan maret 2016 dipimpin oleh Drs. H. Tamrin, M.Ag dari tahun 2016 sampai dengan Juni 2019, lalu di tahun yang sama Juli 2019 ditunjuk Bapak Drs. Mhd. Murni, M.Pd sampai dengan bulan November 2020.
Dari bulan November 2020 di tunjuk sebagai Kepala MAN 1 Kota Bengkulu Bapak Faisal Abdul Aziz, M.Ag sampai dengan Maret 2023 dan dilanjutkan oleh Bapak Hendri Kuswiran, M.Pd sampai dengan sekarang.
